Der Stiftungsrat überwacht die Rechtmäßigkeit und Wirtschaftlichkeit der Führung der Stiftungsgeschäfte durch den Akkreditierungsrat und den Vorstand. Seine Mitglieder werden von der Hochschulrektorenkonferenz und der Kultusministerkonferenz für die Dauer von vier Jahren bestellt.
Vorsitzende: Staatsrätin Dr. Eva Gümbel, Behörde für Wissenschaft und Forschung in Hamburg
Stellv. Vorsitzender: Dr. Jens-Peter Gaul, Generalsekretär der Hochschulrektorenkonferenz
Staatssekretär Dr. Oliver Grundei, Ministerium für Bildung, Wissenschaft und Kultur des Landes Schleswig-Holstein
Staatsrätin Dr. Eva Gümbel, Behörde für Wissenschaft und Forschung Hamburg
Staatssekretärin Prof. Dr. Ulrike Gutheil, Ministerium für Wissenschaft, Forschung und Kultur des Landes Brandenburg
Ministerialdirektor Dr. Rolf-Dieter Jungk, Bayerisches Staatsministerium für Bildung und Kultus, Wissenschaft und Kunst
Staatssekretär Sebastian Schröder, Ministerium für Bildung, Wissenschaft und Kultur Mecklenburg-Vorpommern
Staatssekretärin Annette Storsberg, Ministerium für Kultur und Wissenschaft des Landes Nordrhein-Westfalen
Prof. Dr. Peter-André Alt, Präsident der HochschulrektorenkonferenzDr. Jens-Peter Gaul, Generalsekretär der Hochschulrektorenkonferenz
Prof. Dr. Karim Khakzar, Präsident der Hochschule Fulda
Prof. Dr. Ulrich Radtke, Rektor der Universität Duisburg-Essen
Prof. Dr. Johanna Eleonore Weber, Rektorin der Universität Greifswald